Dez anos se passaram desde o Grande Terremoto de Tokyo, um enorme desastre natural que afundou mais de 70% de Tóquio no oceano. Ganta Igarashi é um estudante do ensino médio comum de 14 anos cuja vida muda quando um dia um homem misterioso aparece coberto de sangue e mata todos os seus colegas de classe, deixando-o vivo após encaixar um cristal vermelho em seu peito. Ganta é condenado pelo massacre e condenado à prisão perpétua em Deadman Wonderland.