Através de uma nova tecnologia implantada na prótese de Izana, a nave Sidonia consegue captar um fraco sinal emitido do planeta Seven, para onde os ativistas migraram, mas que foram dizimados por Gaunas. Crentes de que é um sobrevivente dos ativistas, Nagate e Izana decidem ir ao resgate, contando com um grande reforço! O único problema é a Nave Mass Union Grande que está à deriva bem ao lado do planeta Seven, e a missão de resgate pode ser o estopim antecipado para o confronto final...!