Joe continua em sua jornada para salvar Sylvia e para libertar o Mundo dos Filmes das garras maléficas da Jadow. Desta vez eles terão que ajudar um fugitivo da Jadow que carrega um segredo. Além disso, também terão que proteger uma flor lendária. Enquanto isso, o poderoso líder da organização criminosa resolve averiguar a qualidade de seus membros e pede para Sprocket que mostre a ele todas as fitas com as batalhas contra Viewtiful Joe. Para esconder a vergonha da derrota, os vilões resolvem invadir a sala de edição e tirar todas as partes ruins de seus filmes. No final, os heróis vão parar em um mundo medieval, o Reino Negro da Jadow. Neste lugar, um grupo de pessoas luta para salvar suas vidas. Assim, Viewtiful Joe e o Capitão Azul Júnior terão que lutar para ajudar estas pessoas e de quebra terão que impedir que Sylvia se case com Alastor.