Um novo recruta do Departamento de Polícia de Gotham da capitã Sarah Essen, Detetive James Gordon se junta com Harvey Bullock para resolver um dos casos de maior destaque de Gotham: o assassinato de Thomas e Martha Wayne. Durante sua investigação, Gordon conhece o filho dos Wayne, Bruce, agora sob os cuidados de seu mordomo Alfred Pennyworth, o que incentiva Gordon ainda mais a capturar o assassino misterioso. Ao longo do caminho, Gordon deve enfrentar a máfia liderada por Carmine Falcone, bem como muitos dos futuros vilões de Gotham, como Selina Kyle(Mulher gato), Edward Nygma(O charada) e Oswald Cobblepot(Pinguim). Eventualmente, Gordon é forçado a formar uma improvável amizade com Bruce Wayne, que irá ajudar a moldar o futuro do menino em seu destino de se tornar O Cavaleiro das Trevas.